Bootstrap-анализ выравнивания мутированных последовательностей

• seqboot - на входе программа требует выравнивание в формате Phylip (получено было с помощью программы Genedoc из выравнивания в формате fasta) - используется для построения множественных выравниваний из случайно выбранных столбцов выравнивания листьев модельного дерева . Bootstrap строит выравнивания той же длины что и исходное, причём столбцы могут повторяться;
• dnaml - для построения 100 деревьв по созданным ранее репликам с помощью метода Maximum Likelyhood. Используем параметры по умолчанию, кроме двух: T - отношение числа транзиций к числу трансверсий (по умолчанию -2.0000, в модели - 1.0000). и M - с его помощью было указано, что программа должна обработать 100 выравниваний;
• consense - для построения консенсусного дерева, ветви которого встречаются в большинстве деревьев (при значении параметра С - Extended majority rule).

  +---------------------------d
  |
  |                    +------f
  |      +--------58.0-|
  |      |             +------e
  +------|
         |      +-------------a
         +100.0-|
                |      +------c
                +100.0-|
                       +------b

                +---------------------------f
                !  
              --5      +--------------------e
                !      !         
                +------4      +-------------d
                       !      !           
                       +------3   +---------a
                              !   !           
                              +---2  +------c
                                  +--1           
                                     +------b